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华因康基因学术快讯【2013年 第二卷 第四期（遗传肿瘤专刊）】

文 章：

下一代测序可用于遗传诊断：BRCA1和BRCA2基因分析综合工作流程的发展

Next-generation sequencing meets genetic diagnostics: development of a comprehensive workflow for the analysis of BRCA1 and BRCA2 genes

原文发表于：Eur J Hum Genet 2012,1-7 

【摘 要】

       下一代测序技术（NGS）因其巨大的测序能力和成本效益而改变着遗传诊断。本研究的目的是发展基于NGS方法的对遗传性乳腺癌卵巢癌综合征（HBOC）的常规诊断，以提高BRCA1和BRCA2的基因检测技术。我们制定了基于NGS的检测流程。我们应用BRCA MASTER KIT制备文库，然后用GS Junior进行焦磷酸测序。数据分析结合 Variant Identification Pipeline免费软件和 ad hoc R scripts软件, 经过一系列过滤最终获得覆盖度和变异位点报告。研究同时平行进行了 BRCA同聚物的测定。研究方案设计为两个部分。我们应用由 28 个DNA组成的一组样本套装，其中包括23个唯一有害突变和213个其他的多态性变异（33个为唯一多态性变异）。此工作流程用一组来自HBOC家族的14个样本，通过平行进行现有的诊断流程（Validation Set）的方法进行了证实。基于NGS的流程允许发现所有有害突变和遗传多态性变异，包括位于或接近同聚物。我们同时评价了用NGS技术检测拷贝数变异的方法。此流程满足了HBOC遗传性诊断的敏感性和特异性要求，并且提高目前方法的成本效益。

 

 

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